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Quando formatamos um disco duro ou um flash disk (pen-drive, cartão de memória, etc.), o procedimento configura o referido dispositivo com um sistema de ficheiros e o prepara para ser utilizado pelo sistema operativo removendo todos os dados anteriormente armazenados no dispositivo.
Um sistema de ficheiro pode ser caracterizado como uma forma estruturada de organização de dados em um meio de armazenamento que pode ser utilizado para armazenar, recuperar e actualizar um conjunto de dados.
Para melhor entender o que é um sistema de ficheiro primeiro precisamos entender como são armazenados os dados num dispositivo de armazenamento. Um dispositivo de armazenamento (disco duro ou flash disk) por padrão é dividido em o que chamamos de sectores de 512 bytes (4096 bytes ou 4 kilobytes nos dispositivos actuais). Estes sectores por sua vez são agrupados em o que chamamos de clusters. Cada cluster tipicamente possui um tamanho de 1 sector ou 512 bytes a 128 sectores ou 64 kilobytes. Um cluster representa o menor espaço lógico de um disco onde pode ser armazenado um ficheiro.
A função do sistema de ficheiros é a de organizar os clusters de um dispositivo de armazenamento para que este possa ser utilizado pelo sistema operativo. O sistema de ficheiro mantem uma base de dados onde são armazenados o estado de cada cluster, mostrando ao sistema operativo quais os clusters que estão em uso e quais estão disponíveis para armazenamento de dados.
Os sistemas de ficheiro mais utilizados são o FAT, NTFS e exFAT do Microsoft Windows, o HFS Plus do Mac OS e o ext2, ext3 e ext4 no Linux. O FAT na sua versão FAT16 e FAT32 é compatível com a maioria dos sistemas operativos actuais e até pouco tempo era o padrão utilizado em dispositivos flash devido as restrições no tamanho total de ficheiros suportados de 4GB. Contudo os dispositivos flash actuais de maior capacidade podem ser formatados em sistemas de ficheiro como o NTFS ou o novo exFAT que permitem o armazenamento de ficheiros de maior tamanho de entre outros benefícios.
