O primeiro-ministro nipónico, Shinzo Abe, ordenou acções rápidas para acudir aos afectados, precisou Yoshihide Suga, num encontro com a imprensa, no final da reunião de célula de crise.
Um anterior balanço referia pelo menos 179 mortos.
Abe, que anulou uma deslocação a quatro países, incluindo a Bélgica e a França, visitou na quarta-feira a província de Okayama, uma das mais atingidas juntamente com a de Hiroshima. Na sexta-feira, o chefe do Governo tem prevista uma nova deslocação a outra zona afectada.
Shinzo Abe não prestou declarações, mas reuniu-se em privado com alguns habitantes.
Além dos 199 mortos confirmados, as autoridades referiram desconhecer o paradeiro de várias dezenas de pessoas, enquanto os meios de comunicação social indicaram que cerca de 60 pessoas estão desaparecidas.
O pesado balanço, ainda provisório, da mais grava catástrofe meteorológica desde 1982, levantou a questão dos métodos de avaliação do perigo, reconheceu o Governo, fortemente criticado pela oposição pela gestão da crise considerada tardia.
"Temos vistos nestes últimos anos desastres relacionados com a chuva cada vez mais mortíferos. Devemos rever o que o Governo pode fazer para reduzir os riscos", tinha indicado Suga na quarta-feira à tarde.
Milhares de residentes estão actualmente em abrigos públicos, enquanto outros foram acolhidos por familiares.