O executivo suíço considerou que o navio de assistência humanitária não deve usar a bandeira do país, por falta de enquadramento legal e político, rejeitando uma proposta levada em Outubro ao Parlamento por vários partidos.
O navio encontra-se parado há dois meses, depois de já ter resgatado mais de 30 mil refugiados em operações de salvamento no mar Mediterrâneo.
Até final de Setembro, o navio operou sob bandeira panamiana, mas o governo daquele país da América Central ordenou a retirada do distintivo, alegando que a embarcação tinha violado leis de navegação internacional.
Actualmente, o navio tem bandeira da Alemanha, mas restrições legais impedem-no de prestar serviço humanitário.
O governo suíço também negou a possibilidade de um regime de excepção para enquadrar o funcionamento do "Aquarius", considerando "impossível" estabelecer uma estratégia global para a frota marítima suíça (que possui dezenas de navios mercantes, apesar de o país não ter costas marítimas).