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Geralmente, estas disposições sugerem que a autonomia pode ser entendida com um leque de competências desportivas, incluindo a capacidade de um organismo desportivo, sem influência externa indevida, de estabelecer, alterar e interpretar regras desportivas, de selecionar dirigentes desportivos e de estilos de governação e de assegurar e utilizar o financiamento público sem obrigações desproporcionadas.
Um dos aspetos mais desafiantes da autonomia desportiva é a questão de como conciliar as regras dos órgãos desportivos com a legislação vigente. Como reconheceu o Tribunal Europeu, as federações nacionais "normalmente têm o conhecimento e experiência necessários" para gerir os seus próprios assuntos de forma eficaz. No entanto, noutros casos, o Tribunal Europeu tem atraído críticas por, alegadamente, ter substituído os conhecimentos do organismo regulador desportivo por si próprio. Por exemplo, em Bosman, foi alegado que o tribunal ultrapassou a linha ténue, não só desmontando as justificações apresentadas em apoio do sistema de transferência, mas também sugerindo meios alternativos para alcançar o equilíbrio concorrencial, como um esquema de partilha de receitas.
O contra-argumento é que o órgão de gestão desportiva moderna evoluiu para uma organização complexa que não deve ser imune à fiscalização judicial. Os órgãos reguladores do desporto já não atuam simplesmente como reguladores desportivos, também perseguem ambições comerciais, e este duplo papel pode dar origem a conflitos de interesses e condutas abusivas. Vivemos atualmente um cenário em que a visão olímpica do papel do desporto está a ser suplantada pela otimização de resultados numa visão meramente comercial do desporto. A comercialização do desporto fez com que os interesses dos atletas e das empresas economicamente ativas não tenham sido plenamente considerados pelos organismos desportivos.
O debate sobre os méritos da autonomia tornou-se polarizado, mas deve se garantir que as normas universalmente aceites sejam ajustadas para reconhecer a especificidade do desporto. A autonomia desportiva não é, então, um princípio absoluto, mas está condicionada aos órgãos desportivos aderentes aos princípios de boa governação e de resolução justa de litígios. Sem estas adaptações, as partes interessadas desportivas e os interesses conexos serão encorajados a levar os seus litígios aos tribunais comuns, ou as autoridades públicas sentir-se-ão justificadas na imposição de regulamentação externa ao desporto.
O desporto, como meio, deve ser entendido como um motor de desenvolvimento social que deve colocar os atletas no centro da sua ação. Na altura em que o desenvolvimento desportivo está subjugado apenas à performance, sem entender qual os redutos finais da importância social do desporto, vão continuar a existir fenómenos na qual os atletas vão se sentir oprimidos. Os agentes que trabalham exclusivamente em prol do resultado desportivo dentro do campo de jogo e na qual se manifestam de forma desvirtuada em relação a um princípio de autorregulação da sua ação, no final vão criar mais desafios do que aqueles que são a sua responsabilidade de ajudar a ultrapassar.
