Erdogan também disse a Putin que "um conflito militar não ajudará ninguém" e que tenciona continuar a explorar as vias diplomáticas na questão ucraniana, informou a Presidência turca, citada pela agência francesa AFP.
"A Turquia não reconhecerá qualquer medida que afecte a soberania e a integridade territorial da Ucrânia", disse Erdogan a Putin durante o telefonema, cuja duração não foi referida pela Presidência turca.
O Presidente da Turquia apelou a Putin para que "seja encontrada uma solução com base nos Acordos de Minsk", de 2014 e 2015, sobre a guerra na região do Donbass, no leste da Ucrânia.
Erdogan reafirmou o seu "empenho na continuação dos contactos e conversações diplomáticas" e assegurou que a "Turquia está pronta a fazer a sua parte para reduzir a tensão".
Os Acordos de Minsk foram assinados por Kiev e pelos separatistas pró-russos de Donetsk e Lugansk, situadas na região do Donbass, sob a égide da Alemanha, França e Rússia e visavam encontrar uma solução para a guerra entre Kiev e os separatistas apoiados por Moscovo que começou em 2014, pouco depois de a Rússia ter anexado a península ucraniana da Crimeia.
A guerra no Donbass já provocou mais de 14.000 mortos e 1,5 milhões de deslocados desde 2014, segundo as Nações Unidas.
Em 2014, os separatistas declararam a independência dos territórios ucranianos de Donetsk e Lugansk, que a Rússia reconheceu nesta segunda-feira, numa decisão vista pelo Ocidente como um sinal de uma nova invasão da Ucrânia.
Depois do reconhecimento, Putin autorizou o exército russo a enviar uma força de "manutenção da paz" para Donetsk e Lugansk, fazendo aumentar o receio de uma ofensiva da Rússia no leste da Ucrânia.
Erdogan já tinha considerado inaceitável o reconhecimento por Moscovo da independência de Donetsk e Lugansk, numa primeira reacção na terça-feira.
Contudo, em declarações feitas no avião que o transportou do Senegal na terça-feira à noite, deixou claro que não tencionava romper com a Rússia e com a Ucrânia.
"Não é possível. Temos relações políticas e militares com a Rússia. Também temos relações políticas, militares e económicas com a Ucrânia", justificou Erdogan aos jornalistas que o acompanhavam.
"Queremos que a questão seja resolvida sem termos de escolher entre os dois", insistiu.
A Turquia, membro da Organização do Tratado do Atlântico Norte (NATO), está próxima de Kiev, à qual vendeu 'drones' (aviões não tripulados) militares.
Também está muito dependente de Moscovo para o seu fornecimento de energia e cereais, entre outros bens, e adquiriu um sistema russo de defesa antimísseis S-400.
Erdogan ofereceu a sua mediação para evitar um conflito entre a Ucrânia e a Rússia, países que, tal como a Turquia, se situam nas margens do Mar Negro.