A partida de Damiba foi confirmada por dois diplomatas que falaram com a Associated Press (AP) sob condição de anonimato devido à sensibilidade do assunto.
Segundo a agência norte-americana, desconhece-se se o Togo é o destino final de Damiba.
Damiba já ontem apresentara a sua demissão, ao fim de dois dias a recusar renunciar.
A saída de Damiba fora exigida na capital, Ouagadougou, por centenas de manifestantes que se pronunciaram a favor da chegada do poder do capitão Ibrahim Traoré, que se autoproclamou novo líder da Junta Militar.
Após a mediação entre os dois rivais, conseguida por líderes religiosos e comunitários, "o próprio Presidente Paul-Henri Sandaogo Damiba propôs a sua renúncia, para evitar confrontos com graves consequências humanas e materiais", pode ler-se num comunicado de imprensa assinada por várias figuras relevantes do Burkina-Faso.
O golpe de Estado de sexta-feira é o segundo este ano e eleva os temores de que o caos político distraia as atenções de uma insurgência radical islâmica que já matou milhares e forçou dois milhões de pessoas a fugir.
Além de prometer não prejudicar ou julgar Damiba, Traore e a nova junta comprometeram-se a respeitar os compromissos já feitos pela junta anterior à comunidade dos Estados da África Ocidental (CEDEAO).
Damiba, que chegou ao poder através de um golpe militar em Janeiro, tinha acordado com a organização regional realizar eleições até 2024.
Num comunicado divulgado hoje à noite, a CEDEAO disse que enviaria uma equipa de mediadores para Ouagadougou na segunda-feira, incluindo o ex-Presidente Mahamadou Issoufou.
O comunicado, assinado pelo Presidente da Guiné-Bissau e presidente em exercício da CEDEAO, Umaro Sissoco Embalo, dizia que Damiba tinha resignado "para evitar um confronto violento e o possível derramamento de sangue".
Ao início do dia, a nova junta pediu o fim da agitação que tomou conta da capital após o golpe de sexta-feira.
Numa declaração emitida pela televisão estatal, o representante da junta, Kiswendsida Farouk Azaria Sorgho, apelou ao povo para "desistir de qualquer acto de violência e vandalismo", especialmente aqueles contra a Embaixada da França ou a base militar francesa.
O sentimento anti-França aumentou fortemente após a nova junta alegar que Damiba estava abrigado numa base militar francesa após ser afastado do poder.
A França negou veementemente as alegações, mas os populares rapidamente se concentraram junto à embaixada francesa em Ouagadougou.
Na sexta-feira, um grupo de militares, liderados pelo capitão do Exército do Burkina Faso Ibrahim Traoré, levou a cabo um golpe de Estado e derrubou o líder da junta militar que governava o país, o tenente-coronel Paul-Henri Sandaogo Damiba.
Numa mensagem dirigida à nação, transmitida pela televisão estatal RTB, os protagonistas do último golpe de Estado no país acusaram Damiba de se desviar do ideal do Movimento Patriótico para a Salvaguarda e a Restauração (MPSR), nome da junta que assumiu o poder na sequência de um outro golpe de Estado, a 24 de Janeiro.
O balanço provisório oficial apontava para 11 mortos, 28 feridos, entre militares, voluntários que apoiam as Forças Armadas e civis e cerca de 50 civis desaparecidos.
O Burkina Faso tem sofrido ataques de extremistas islâmicos frequentes desde Abril de 2015, cometidos por grupos ligados tanto à Al-Qaida como ao grupo Estado Islâmico, cujas acções afectam 10 das 13 regiões do país.
Em Novembro de 2021, um ataque a um posto de 'gendarmerie' causou 53 mortes (49 'gendarmes' e quatro civis), o que levou a uma agitação social generalizada que resultou em fortes protestos exigindo a demissão do Presidente Roch Marc Christian Kaboré.
Alguns meses mais tarde, em 24 de Janeiro, os militares liderados por Damiba tomaram o poder num golpe de Estado - o quarto na África Ocidental desde Agosto de 2020 - e depuseram o Presidente.